Auf nationaler Ebene bestehen enge Kooperationen über gemeinsame und außerplanmäßige Professuren mit den folgenden Universitäten und Hochschulen: Universität Potsdam, Humboldt-Universität zu Berlin, Freie Universität Berlin, Leibniz-Universität Hannover, Hochschule für nachhaltige Entwicklung in Eberswalde, Brandenburgischen Technischen Universität Cottbus-Senftenberg sowie mit der Universität Bonn. Neben den oben genannten Institutionen kooperiert das ZALF im Rahmen zahlreicher Projektkooperationen ebenfalls zum Beispiel eng mit der Technischen Universität Berlin, der Technischen Universität Dresden, der Justus-Liebig-Universität Gießen, der Universität Hohenheim, der Universität Kassel, der Forschungsuniversität Karlsruher Institut für Technologie sowie der Technischen Universität München.
Das ZALF unterhält zudem strategische Kooperationsverträge mit einer Vielzahl von außeruniversitären Partnern wie dem Julius Kühn Institut (JKI), dem Johann Heinrich von Thünen-Institut (TI), dem Helmholtz-Zentrum für Umweltforschung (UFZ), dem Leibniz-Institut für Zoo- und Wildtierforschung im Forschungsverbund Berlin e.V. (IZW), der Senckenberg Gesellschaft für Naturforschung sowie dem Helmholtz-Zentrum Potsdam - Deutsches GeoForschungsZentrum (GFZ).
Die ZALF-Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler bringen ihre Expertise in verschiedene Netzwerke auf nationaler Ebene ein:
